„ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტში“ აკადემიური უმაღლესი განათლების  პროგრამაზე (ბაკალავრიატი) და პროფესიულ უმაღლეს პროგრამაზე ჩარიცხვა ხდება ერთიანი ეროვნული გამოცდის შედეგების მიხედვით.

ყოველი სემესტრის დაწყებამდე, ბნსუ-ში გადმოსვლის მსურველთათვის ცხადდება მობილობა შესაბამის ვაკანტურ ადგილებზე აკრედიტაციის ეროვნული ცენტრის მიერ შემუშავებული შესაბამისი წესის მიხედვით.

სახელობო საფეხურზე სწავლის ხანგრძლივობაა:

• 9 კლასის ბაზაზე - 3 წელი;
• საშუალო განათლების ბაზაზე - 1 წელი.

სახელობო განათლების საფეხურზე ჩარიცხვა ხდება ტესტირებით.

მეორადი პროფესიის დაუფლების მსურველთათვის მუშაობს 9 თვიანი კურსები, სადაც სწავლობენ 22 წელს გადაცილებული პირები. კურსებზე მიღება წარმოებს წელიწადში სამჯერ.