ბათუმის ნავიგაციის სასწავლო უნივერსიტეტთან არსებობს ლიცეუმი, სადაც ხორციელდება საშუალო განათლების მესამე საფეხური (X, XI და XII კლასები). მოსწავლეებისათვის შექმნილია საუკეთესო პირობები ეროვნული საგანმანათლებლო პროგრამის ათვისებისათვის.

• სწავლების მაღალი ხარისხის მისაღწევად, ლიცეუმში სისტემატიურად ტარდება კათედრათა სხდომები, სადაც ხდება ნაკლოვანებების გამოვლენა და პრიორიტეტების გამოკვეთა. ადმინისტრაცია უზრუნველყოფს კათედრებს შესაბამისი რესურსებით.
• სასწავლო წლის დასაწყისში ყოველი პედაგოგი წარმოადგენს სასწავლო სამუშაო გეგმას - სილაბუსს, რაც აუმჯობესებს მასწავლებელთა მუშაობას, გაკვეთილების მაქსიმალური ეფექტურობით დაგეგმვასა და მათ ხარისხიანად ჩატარებას.
• სისტემატიური ხასიათი აქვს მასწავლებელთა გადამზადებასა და პროფესიულ განვითარებას.
• ლიცეუმის ერთ-ერთი ძირითადი მიმართულებაა მასწავლებელთა მომზადება სასწავლო პროცესში თანამედროვე ტექნოლოგიების გამოყენებისთვის. დღესდღეისობით მასწავლებელთა დიდი ნაწილი იყენებს ტექნოლოგიურ საშუალებებს გაკვეთილის გამრავალფეროვნებისათვის, აღქმის, სწავლისა და სწავლების პროცესის გაუმჯობესების მიზნით.
• ლიცეუმში ყოველ სემესტრში დგება ურთიერთდასწრების გრაფიკი, რომლის მეშვეობითაც მასწავლებლებს ეძლევათ საშუალება უკეთ გაეცნონ ერთმანეთის მუშაობას, გაიზიარონ ერთმანეთის გამოცდილება.
• ლიცეუმში რეგულარულად ტარდება ინტეგრირებული გაკვეთილები. დიდი ყურადღება ექცევა მოსწავლეებში ინტერდისციპლინარული კვლევის ჩვევისა და სინთეზური ანალიზის უნარის ჩამოყალიბებას.  
• დაწესებულების ბიბლიოთეკაში ინახება და რეგულარულად გამოიყენება ელექტრონული პრეზენტაციები შემდეგ საგნებში: ქართული ენა და ლიტერატურა, რუსული ენა და ლიტერატურა, ინგლისური ენა, მათემატიკა, ისტორია, გეოგრაფია.
• ლიცეუმის მოსწავლეები რეგულარულად მონაწილეობენ ტურებსა და ოლიმპიადებში რეგიონისა და რესპუბლიკის მასშტაბით.
• ლიცეუმში დანერგილია მოსწავლეთა გამოკითხვის პრაქტიკა, რომელიც მიზნად ისახავს სწავლების პროცესის შემოწმებასა და მოსწავლეთა აზრის გაგებას სწავლების ხარისხთან დაკავშირებით. გამოკითხვები გამოიყენება მოსწავლეების მიერ საკუთარი მოსწრების დონის გამოსავლენადაც.
• ლიცეუმში რეგულარულად ტარდება ტესტირებები, შუალედური შეფასებები, რომელთა მეშვეობითაც ხდება ცოდნის საშუალო დონის დადგენა და ხარვეზების გამოკვეთა.
• ლიცეუმში ერთ-ერთ პრიორიტეტადაა მიჩნეული დამატებითი მეცადინეობების ჩატარება, რომლების მეშვეობითაც ხდება გამოკვეთილი ხარვეზების აღმოფხვრა და ჩამორჩენილ მოსწავლეთა სწავლის დონის ამაღლება.
• რეგულარულად ხდება მოსწავლეთა მაღალი აკადემიური მოსწრებისა და კარგი ყოფაქცევის წახალისება, რაც აშკარად აღრმავებს სწავლის მოტივაციას.
• ლიცეუმის შინაგანაწესითაა განსაზღვრული მოსწავლეთა როგორც დაჯილდოვების, ისე დასჯის პროცედურები. შექმნილია დისციპლინური კომიტეტი, რომელიც განიხილავს დისციპლინურ გადაცდომებს და სახავს მათზე შესაბამისი რეაგირების მეთოდებსა და საშუალებებს.
• ლიცეუმი აქტიურად თანამშრომლობს მშობლებთან. მოსწავლეთა ნებისმიერი სახის პრობლემის დაძლევა ხდება კონკრეტულ მშობელთან ან მშობელთა კომიტეტთან შეთანხმებითა და მათი აქტიური ჩარევით.
• უდიდესი ყურადღება ექცევა მოსწავლეთა თავისუფალი დროის ორგანიზებასა და მათი ცხოვრების ჯანსაღი წესის ჩამოყალიბებას: რეგულარულად ეწყობა სემინარები სამედიცინო და ყოფითი აქტუალური პრობლემების შესახებ, ხდება მოსწავლეთა გაწევრიანება ინტერესთა კლუბებში, სპორტულ გუნდებში. ეწყობა შეჯიბრებები, ღონისძიებები.  
• ლიცეუმში ფუნქციონირებს ინტერესთა მიხედვით შექმნილი შემდეგი კლუბები: "მე და ლიტერატურა" (ხელმძღვ. შ. ლორთქიფანიძე), "ინგლისური - საერთაშორისო ენა" (ხელმძღვ. მ. სარჯველაძე), "თეთრი იალქანი" (ხელმძღვ. ხ. ბერიძე), "პითაგორა" (ხელმძღვ. ვ. ბაძაღუა, ე. ჯაფარიძე), "ბუნების ქომაგი" (ხელმძღვ. მ. ბოლქვაძე), "მაძიებელი" (ხელმძღვ. ნ. ბერიძე).
• ყოველი სასწავლო წლის ბოლოს ხდება ლიცეუმის საუკეთესო პედაგოგებისა და მოსწავლეების დაჯილდოვება ექსკურსიებზე გაგზავნით, ფასიანი საჩუქრებითა და სიგელებით.